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2011년 국립대 중 유일하게 법인화된 서울대에 대한 교육재정 지원은 갈수록 느는 반면 이 대학의 운영은 방만해지고 있다는 지적도 있다. 2012년 교육부 결산을 보면 전체 국립대 39곳이 받은 재정 지원은 2조 9145억여원이었고 이 중 서울대 한곳이 받은 재정 지원은 4950억여원이었다. 서울대가 받은 재정 지원이 전체 국립대의 14.5%에 달했던 셈이다.
반면 지난해 국회 교육문화체육관광위원회 국정감사에서 정진후 정의당 의원은 "법인화 이후 2년 동안 서울대의 고위 공직자 출신 초빙교수는 20명으로 법인화 직전 2년간 9명에서 두 배 이상 급증했다"고 지적했다. 친일 논란에 휩싸인 문창극 총리 후보자도 법인화 이후 서울대 언론정보학부 초빙교수로 임용됐다