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과기부가 보도설명자료에 명시한 특정감사 착수 날짜는 2023년 9월 4일이다. 감사는 올해 3월 27일까지 이루어지고, 결과는 올해 4월 1일 항우연을 경유해 감사 대상자들에게 통보됐다. 무려 7개월에 가까운 기간 동안 감사를 벌인 것 이다. 이 과정에서 일부 노조 조합원들에 대해서는 기술유출 의혹이 있다면서 검찰에 수사를 의뢰했다. 검찰은 곧바로 조합원들의 사무실과 자택을 압수수색 하며 기술유출 의혹을 수사했다. 금방 끝날 줄 알았던 검찰수사도 7개월 가까이 이루어졌다.
검찰수사를 받은 노조 조합원들은 민간기업인 한화에어로스페이스로 이직을 준비하고 있었다고 한다. 이런 이유로 지난해 10월 24일 국정감사에서 김영식 국민의힘 의원은 “기술 유출 때문에 지금 특정감사를 하는 것 아닌가”라며 특정감사의 정당성을 주장했지만, 한화에어로스페이스는 이미 지난 2022년 말 계약을 통해 항우연에 기술이전료를 내고 정식으로 기술을 받기로 한 상황이었다. 연구자들이 기술을 몰래 빼돌릴 이유가 없는데 기술유출 의혹이 있다면서 검찰에 수사를 의뢰하고, 여당 의원이 이를 옹호한 것이다.
검찰수사 결과는 “혐의없음”이었다.